不論是工業凈化廠房裝修，還是生物潔凈室裝修，在計算出各室空調負荷、送風量、回風量、排風量、新風量之后，就需進行空調系統的劃分，以滿足生產工藝及相關規范的要求。凈化車間裝修空調系統可按照以下幾點進行劃分：
任何一個生產工藝，每個生產環節并非同時工作，盡可能將工作時間相同的潔凈室納個系統（這些潔凈室的位置相對集中），在非工作時間，該系統可以停止運行，以利節能。
2.按潔凈室內熱濕比劃分
盡可能將熱、濕比相近的潔凈凈化車間劃分為一個系統，避免出現溫濕度偏差太大的缺陷有利于簡化系統，省去潔凈室末端的冷卻或再熱的設施。
3.按溫濕度條件劃分
將溫濕度要求相同或相近的潔凈室構成一個系統，使系統簡化，利于節能。
4.按排風情況劃分
將要求排風或排風量大的潔凈室劃為一個系統，有利于系統的設計。
5.按潔凈度級別劃分
將潔凈度級別100級（209E）及高于100級的潔凈室劃為一個系統，把低于100級的潔凈室劃于一個系統，利于溫濕度控制。
6.按工藝性質劃分
將工藝性質相同，不會釋放污染物的潔凈室集中于一個系統，有利于防止交叉污染。以上的系統劃分原則，有時很難同時滿足。如應該劃為一個系統的潔凈室位置太分散也不宜集中在一個系統中。這時可把個別分散的潔凈室就近納入別的系統。這里所講的系統劃分，是針對大的潔凈車間，如果凈化廠房車間較小，只要行業規范允許使用一個系統，就不必劃分，以利于節約機房面積。一般以4萬m3/h送風量為限來劃分為好。
當整個凈化車間只有很小面積的潔凈室是單向流時，只要行業規范允許，也可與非單向流潔凈室合為一個系統。采用特殊措施來解決夏季過冷、冬季過熱的弊端。這樣可使系統簡化，節約無塵凈化車間機房面積。所以，應靈活應用上述原則，不能生搬硬套。
